Nach dem Zweiten Weltkrieg sollte Kiel nach dem erklärten Willen der alliierten Siegermächte nie wieder Kriegshafen werden, was auch dem Wunsch der Bevölkerung nachkam. Im Krieg wurden alle Werftanlagen Kiels durch die Bombenangriffe der Alliierten vollständig zerstört. Zudem wurde Deutschland im Schiffbau sanktioniert. Lediglich die Howaldtswerke hatte die Genehmigung erhalten weiterarbeiten zu dürfen. Zunächst durften nur Reparaturen an ausländischen Schiffen gemacht werden. Ab 1950 konnte der Schiffbau in Kiel wieder wachsen. Zu den Aufträgen gehörten Walfänger, Fabriktrawler, Massengutfrachter und Großtanker.
Infolge der veränderten weltpolitischen Lage und des sich zuspitzenden Ost-West-Konfliktes, trat die Bundesrepublik Deutschland 1955 dem Nordatlantischen Verteidigungsbündnis bei. Seit 1956 ist Kiel wieder Stützpunkt der neuen Bundesmarine. Neben den ersten deutschen Kriegsschiffen, die die Bundesmarine von den Verbündeten erhielt, zählt das in Kiel beheimate Segelschulschiff "Gorch Fock" zu den ersten Neubauten der Bundesmarine. Sämtliche Schiffe der Marine stehen seither unter Befehlsführung der NATO.
Die Howaldt-Werke stießen ab 1960 als eine der größten europäischen Werften in die internationale Spitzengruppe der Schiffbauunternehmen vor. Mitte der sechziger Jahre erweitere sich das Werk um zwei Baudocks und errichtete die beiden für Kiel charakteristischen Portalkräne. Die ebenfalls in Kiel errichtete Lindenau Werft, die 1947 in Kiel Einzug fand, und MaK Maschinenbau GmbH geben zusammen mit den Howaldtswerken vielen Bewohnern von Kiel und seiner Umgebung Arbeit.